Er habilitierte sich mit einer Arbeit über die intraoperative Feinnadelbiopsie und Zytodiagnostik von Pankreastumoren, einer Methode, an deren Entwicklung zur gleichen Zeit auch in Skandinavien gearbeitet wurde, die sonst aber weltweit noch unbekannt war. Parallel dazu entwickelte Ernst Bodner das operative Verfahren der Pankreaskopfresektion zu einer onkologiegerechten Standardmethode weiter, beschrieb dieses Verfahren in der modernsten deutschsprachigen Operationslehre (G. Thieme Verlag, Stuttgart) und zählt zu den international bekanntesten und erfahrensten Chirurgen auf diesem Gebiet.
Internationales Ansehen gewann Ernst Bodner auch als Pionier der Ultraschall-Anwendung für spezifisch chirurgische Fragestellungen. Er und seine Mitarbeiter wurden über viele Jahre als Experten auf diesem Gebiet zu zahlreichen Gastvorträgen eingeladen. Das in den 80er Jahren noch bevorzugte Verfahren der Peritoneallavage zum Nachweis einer intraabdominellen Blutung bei stumpfen Bauchverletzungen ist durch die Initiativen von Ernst Bodner zugunsten des Einsatzes der viel einfacheren sonographischen Blutungskontrolle ersetzt worden. Mit der Einführung der intraoperativen Strahlentherapie beim Pankreaskarzinom wurde auf einem weiteren Gebiet eine weltweit anerkannte Vorrangstellung erreicht. Durch die verschiedenen ehrenvollen Funktionen in einer Reihe von international bedeutsamen Organisationen ist belegt, dass Ernst Bodner weit über die Grenzen des eigenen Landes hinaus als eine der führenden Persönlichkeiten der österreichischen Chirurgie anerkannt ist.
Mit den Schülern der bis September 1998 relativ kleinen Chirurgischen Abteilung von Ernst Bodner wurden zahlreiche Primariatsposten quer durch ganz Österreich - Bregenz [Szinic], Bludenz [Schwab], St. Johann i.T. [Ladurner †], Zell a. See [Pointner], BHB Salzburg [Schwammberger], Linz [Aufschnaiter], Wilhelminenspital Wien [Glaser] - besetzt, was die überregionale hohe Anerkennung der „Schule Bodner“ beweist.