Margreiter ist der weltweit bekannteste Chirurg Tirols, da auf ihn einige weltweit und österreichweit erstmalige Organtransplantationen zurückgehen und er als einziger Chirurg alle soliden Organe verpflanzt hat. Nach der ersten Nierentransplantation im Jahre 1974, die Margreiter bereits zwei Jahre nach Erlangung des Facharzttitels durchführte, gelang drei Jahre später die erste Lebertransplantation in Innsbruck und 1979 die erste kombinierte Nieren-Pankreas-Transplantation Österreichs. Im Jahre 1983 führten Margreiter und Gschnitzer die erste Herztransplantation Österreichs sowie mit anderen Mitgliedern seines eingespielten Ärzteteams die weltweit erste kombinierte Leber-Nieren-Transplantation durch. Es folgten zahlreiche weitere beeindruckende Verpflanzungen wie 1985 die österreichweit erste Herz-Lungenverpflanzung, 1987 die erste Doppellungentransplantation und 1989 die weltweit erste erfolgreiche Multiviszeraltransplantation – ein weiterer Meilenstein, der das Renommée der Innsbrucker Chirurgie verstärkte. Ein Jahr später gelang dann die erste isolierte Darmtransplantation gefolgt von der ersten Inselzelltransplantation. Im Jahr 2000 sorgte die Doppelhandtransplantation bei Theo Kelz für internationales Aufsehen.
Der Chirurg Margreiter war und ist aber immer auch Wissenschafter mit der Überzeugung, dass erfolgreiches Transplantieren ohne Kenntnis der molekular- und zellbiologischen Grundlagen nicht möglich ist. „Medizinische Versorgung auf höchstem Niveau ist ohne begleitende Grundlagenforschung längerfristig nicht denkbar“, betont der Forschungsförderer Margreiter, der neben der Organverpflanzung vor allem auch in der Tumorchirurgie Schwerpunkte setzte und zudem ehrenamtlicher Leiter der Tiroler Krebshilfe war.
So sind auch das Tiroler Krebsforschungsinstitut (TKFI) und das Daniel-Swarovski-Forschungslabor - zwei höchst erfolgreiche Einrichtungen der Grundlagenforschung - eng mit seinem Namen verbunden. In jungen Jahren war Raimund Margreiter ein begeisterter Abenteurer. So war er 1970 an der Rettung des am Mount Kenya verunglückten Gert Judmair beteiligt und nahm 1978 an der erfolgreichen österreichischen Mount Everest-Expedition teil. Margreiter befuhr mit dem Kajak solo über 1.000 Kilometer des Amazonas.
Er hat ganze Generationen an ChirurgInnen beeinflußt. Auf ihm basiert die neue, moderne „Chirurgische Schule Innsbruck“. Aus seinem Team wurde 3 Lehrstühle besetzt: 2003 Universität Tübingen [Königsrainer], 2009 Paracelsus Privatuniversität Salzburg [Öfner-Velano] und 2015 Medizinische Universität Innsbruck [Öfner-Velano] sowie zahlreiche Primariate: 2 Mal Hall in Tirol [Steiner, Mark], Zams [Sandbichler], Reutte [Unger], St. Johann i.T. [Nehoda], 2 Mal Kufstein [Wiegele, Spechtenhauser], BHS Wien [Klaus], BHB Salzburg [Weiss], Dornbirn [Zitt], LKH Klagenfurt [Mittermair]